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Esquema de datos y metadatos
¿Qué es el esquema de datos de OBIS?
El esquema de OBIS es una lista de campos de los datos con nombres, descripciones, y notas del formato. Es una extensión the Darwin Core Version 2 standard. Cuando el portal de OBIS manda preguntas a sus proveedores, el portal pedirá el tipo de datos que incluyen estos campos y que información necesita tener para usar estos campos. El software de DiGIR proporciona la programación para convertir una pregunta de OBIS en una búsqueda en su banco de datos particular, pero para instalar DiGIR usted necesita acoplar (“mapear”) los campos del esquema de OBIS a los campos en su banco de datos. Acceda a los siguientes enlaces para más detalles.
- Preguntas Generales sobre el Esquema de OBIS (OBIS Schema General Questions)
- Notas de implementación (Implementation Notes)
- OBIS Schema 1.1 (archivo XSD)
¿Qué es DiGIR?
DiGIR es un software a través del cual OBIS comunica a sus colaboradores los datos distribuidos - definiendo cómo se intercambian los datos. Cuando un usuario del portal de OBIS ingresa una pregunta (por ejemplo, “mostrar las localizaciones donde se encuentra la ballena, Eubalaena australis”), DiGIR permite al portal enviar esa pregunta a los colaboradores de los datos, éstos traducen la pregunta en una búsqueda en su base de datos local, y envían los datos a OBIS. Puede encontrar más información sobre DiGIR en www.digir.sourceforge.net. Por favor contacte a OBIS antes de instalar el software DiGIR para asegurar que está usando una versión compatible y tiene los detalles de configuración de OBIS.
¿El Esquema de Datos de OBIS es compatible con el Darwin Core estándar?
Sí. El Esquema de Datos de OBIS se construyó como una extensión al Darwin Core versión 2 estándar (http://speciesanalyst.net/docs/dwc/index.html). El Darwin Core es un estándar que usa el Global Biodiversity Information Facility (GBIF) y otros. El Esquema de OBIS también contiene algunos campos adicionales para conseguir información que el Darwin Core no maneja. De este modo, si implementa el Esquema de OBIS en su base de datos, será complatible tanto con el Darwin Core estándar como con OBIS estándar.
¿Es difícil cumplir con todos los campos del Esquema de datos de OBIS?
Piense en el Esquema de OBIS como un menú de opciones. Hay sólo cuatro campos obligatorios para que sea compatible (latitud, longitud, nombre taxonómico, y fecha/hora de la última modificación). Los otros campos se incluirán sólo si tiene esa información en su base de datos. Si no desea que se acceda a un determinado tipo de información, puede omitirla de su base de datos. Sin embargo, si usted incluye un tipo de información bajo un campo del Esquema de OBIS, usted debe representarlo como descrito en el Esquema de OBIS.
¿Tengo que usar los mismos nombres del campo del Esquema de OBIS en mi base de datos?
No, puede usar cualquier nombre de campo que guste. Cuando ejecute DiGIR, le pedirá que campo se relaciona con que campo del Esquema de OBIS. Debe guardar esta relación entre campos, asegurarse que el mapeo de los campos entre el Esquema de OBIS y su base de datos es uno a uno y que usa el formato requerido para ese campo. Por ejemplo, debido a que el Esquema de OBIS tiene los campos de un registro separados por “día”, “mes”, y “año”, es mejor mantener éstos en tres campos separados y no en un solo campo de “fecha” (o por lo menos tener un método para separar las fechas y puedan servir en OBIS).
La mayoría de los software de bases de datos permiten hacer operaciones automáticas en los campos. Puede preferir ingresar su información de ubicación (latitud/longitud) como grados y minutos en vez de grados decimales. Así, será más fácil crear una vista de la base de datos con un campo de latitud en grados decimales calculado como sigue (grados de latitud + (minutos de latitud/60)).
Puede resultar más fácil ejecutar DiGIR creando una “vista” o preguntar en su base de datos que tiene todos los campos del Esquema de OBIS en una tabla. Puede tener las tablas separadas por "nombre de especie", "observaciones" etc., pero puede crear una vista virtual que una lo necesario para responder la pregunta de OBIS.
¿Por qué tienen campos para lugares que no pueden aplicar en el océano?
Porque son campos Darwin Core. Para ser complatible con el Darwin Core, OBIS debe permitirle todos los campos ingresados en el Darwin Core. Cabe recordar, que son campos optativos. Si no son necesarios no los ingrese en su base de datos. OBIS opera fuera de las localizaciones de latitud y longitud, razón por la cual solo se requieren estos dos campos como información de localización.
¿Qué quieren decir los términos "Colectado" y "Observado?"
Las bases de datos de OBIS alojan información sobre las localizaciones donde han sido encontradas diferentes especies. El hallazgo de una especie en un lugar se llama "colección" o una "observación" en la documentación del esquema. Este término se aplica muy ampliamente, e incluye casos donde literalmente se vieron especies durante una búsqueda visual, fueron colectadas en una muestra de cualquier tipo (estudio de investigación, fecha de captura de pesquerías, etc.), indica la localización desde donde proviene un espécimen en un museo, etc.
Tipos de datos en el esquema OBIS
El esquema indica el tipo de datos para cada campo. Éstas son categorías generales, y su software particular puede usar términos diferentes. Donde hay restricciones adicionales puestas en el formato de los datos, esto se indicará en la Descripción.
¿El esquema puede alojar datos de marcación y/o recuperaciones/ avistajes múltiples de un solo individuo?
Sí, el esquema de OBIS puede acomodar datos de las observaciones múltiples de un solo individuo, tales como datos producidos de estudios de marcación. Para llevar a cabo esto, el usuario debe 1) crear un registro en su base de datos para el individuo y usar el Número del Catálogo “Catalog Number” como un identificador único para ese individuo; y 2) cada observación para ese individuo debe entrarse como un registro separado en la base de datos y ligarse al individuo poniendo el campo de “Related Catalog Item” igual a los campos Código de la Institución, Código de la Colección, y Número del Catálogo del registro individual.
¿Qué es el metadato?
Metadato es información complementaria sobre los archivos de datos. Algunos metadatos se incluyen en el esquema de datos de OBIS y describen características de archivos individuales (e.g. abundancia en una muestra). Otros metadatos describen un grupo de datos. OBIS exige a los proveedores de los datos proporcionar metadatos antes de la publicación de los datos, para permitir la comparación de los datos publicados con los propuestos, y para ser consciente de cómo se planificó la publicación de los datos provistos a OBIS. Una cita estandarizada es importante para permitirles a los usuarios citar el grupo de datos correctamente. Otros metadatos, tales como información sobre muestreo, hábitat, cobertura taxonómica y geográfica, le permite a OBIS identificar datos faltantes y las propiedades para explorar por más datos, como un filtro que permite seleccionar a los usuarios (e.g. todos los datos de invertebrados pelágicos).
Los campos OBIS para divulgación de los metadatos son: nombre del grupo de datos (conciso, indique contenido, minimice siglas), Cita (para que los usuarios de los datos puedan citar el grupo de datos en formato estandarizado de autor o editores), título (descriptivo), institución que lo publica, cobertura taxonómica, cobertura geográfica, cobertura temporal, hábitat, distribución total de los registros, número total de taxones, el método muestreo, fuente de los datos, resumen, el contacto científico (responsable para la colección de los datos), el contacto técnico (responsable del manejo informático de los datos), sitio Web, fecha de realización del metadato, publicaciones de origen de los datos (para que los usuarios puedan acceder a más detalles sobre los orígenes de los datos y sus usos). Un ejemplo de divulgación de metadatos puede obtenerse aquí.